Karabük Üniversitesi Orman Fakültesi Öğretim Üyesi Doç. Dr. Kamil Sarpkaya, sarımsak üretiminde verim ve kalite kayıplarına yol açan viral hastalıkların hızlı ve güvenilir şekilde tespit edilmesini amaçlayan projede araştırmacı olarak görev aldı.
Karabük Üniversitesi (KBÜ) Orman Fakültesi Öğretim Üyesi Doç. Dr. Kamil Sarpkaya, sarımsak üretiminde önemli ürün kayıplarına neden olabilen viral hastalıkların erken ve hızlı teşhis edilmesine yönelik yürütülen bilimsel projede yer aldı.
Kilis 7 Aralık Üniversitesi Öğretim Üyesi Doç. Dr. Bekir Bülent Arpacı’nın yürütücülüğünü üstlendiği “Sarımsak (Allium sativum L.) Üzerinde Hastalık Yapan Bazı Sarımsak Viral Kompleks Virüslerinin Hızlı Tanılanması Amacıyla RT-LAMP Primerlerinin Geliştirilmesi” başlıklı projede, KBÜ Orman Fakültesinden Doç. Dr. Kamil Sarpkaya ile araştırmacı İbrahim Sönmez görev yapıyor.
SARIMSAKTA GİZLİ TEHDİDE HIZLI TANI
Sarımsak üretiminde çoğaltım materyali olarak kullanılan dişler, enfekte bitkilerde bulunan virüsleri bir sonraki üretim dönemine taşıyabiliyor.
Aynı bitkide birden fazla virüsün bulunabilmesi ve bazı enfeksiyonların dışarıdan belirgin belirtiler göstermemesi, sağlıklı üretim materyalinin yalnızca gözle yapılan kontrollerle belirlenmesini zorlaştırıyor.
Projede, bu soruna yönelik hızlı, güvenilir ve sahada uygulanabilir moleküler tanı yöntemlerinin geliştirilmesi hedefleniyor.
TAŞKÖPRÜ’NÜN DE ARALARINDA BULUNDUĞU 14 NOKTADAN ÖRNEK ALINDI
Çalışma kapsamında sarımsakta ekonomik açıdan önem taşıyan OYDV, LYSV, GarV-D ve GarCLV virüslerinin tespitine yönelik RT-LAMP primer setleri geliştirilecek.
Projenin ön çalışmalarında, Türkiye’nin önemli sarımsak üretim merkezlerinden Kastamonu Taşköprü’nün de aralarında bulunduğu 14 farklı lokasyondan örnekler toplandı.
Saha çalışmalarından elde edilen virüs genomlarına ilişkin veriler ile uluslararası veri tabanlarındaki genetik diziler birlikte analiz edilerek, Türkiye’deki virüslerin genetik farklılıklarını dikkate alan yerli ve özgün tanı araçlarının geliştirilmesi amaçlanıyor.
SONUÇ RENK DEĞİŞİMİYLE GÖRÜLEBİLECEK
Projede kullanılacak RT-LAMP yöntemi, hedef genetik materyalin sabit sıcaklıkta çoğaltılmasına olanak sağlıyor.
Renk değişimine dayalı tanı yaklaşımıyla, test sonucunun reaksiyon tüpündeki renk değişimi üzerinden çıplak gözle değerlendirilebilmesi hedefleniyor.
Bunun yanı sıra floresan sinyallerin izlendiği hassas analizler gerçekleştirilecek. Geliştirilen primerlerin performansı ise klasik RT-PCR yöntemiyle karşılaştırmalı olarak test edilecek.
Çalışmayla, ileri laboratuvar cihazlarına duyulan ihtiyacı azaltabilecek ve gelecekte tarla ile sera gibi farklı üretim ortamlarında kullanılabilecek hızlı tanı uygulamalarına bilimsel altyapı oluşturulması hedefleniyor.
KBÜ’LÜ AKADEMİSYEN PRİMER TASARIMINDA GÖREV ALIYOR
Projenin primer tasarımı aşamasında görev alan Doç. Dr. Kamil Sarpkaya, hedef virüslere uygun moleküler tanı araçlarının geliştirilmesine katkı sağlayacak.
Tasarlanan primerlerin virüsleri doğru şekilde tespit etme başarısı, düşük miktardaki viral materyali belirleyebilme kapasitesi ve diğer virüslerle hatalı ya da çapraz reaksiyon oluşturma ihtimali deneysel olarak değerlendirilecek.
SAĞLIKLI ÜRETİM MATERYALİNE KATKI SAĞLAMASI BEKLENİYOR
Projeden elde edilecek sonuçların, sarımsakta sağlıklı üretim materyalinin seçilmesi, viral hastalıkların erken dönemde tespit edilmesi ve virüslerin üretim alanlarına yayılma riskinin azaltılmasına katkı sağlaması bekleniyor.
Üniversiteler arası iş birliğiyle yürütülen çalışma, bitki sağlığı alanındaki moleküler tanı araştırmalarını sarımsak üretiminin ihtiyaçlarıyla buluştururken, geliştirilecek yöntemlerin gelecekte sahada daha hızlı hastalık tespitine yönelik çalışmalara temel oluşturması amaçlanıyor.
